स्कूल शिक्षा विभाग के अंतर्गत जिला शिक्षा अधिकारी कार्यालय द्वारा कक्षा 9वीं से 12वीं तक की शालाओं का संचालन एवं पर्यवेक्षण किया जाता है। जिले में कुल 249 शालाएँ संचालित हैं, जिनमें 140 शासकीय हाईस्कूल एवं हायर सेकेंडरी विद्यालय, 6 अनुदान प्राप्त विद्यालय, 3 केंद्रीय विद्यालय, 43 अशासकीय हाईस्कूल तथा 57 अशासकीय हायर सेकेंडरी विद्यालय शामिल हैं।
जिले में कुल 7 विकासखंड हैं। इनमें खालवा विकासखंड को छोड़कर शेष 6 विकासखंडों में शालाओं का संचालन स्कूल शिक्षा विभाग द्वारा तथा खालवा विकासखंड में आदिवासी विकास विभाग द्वारा किया जाता है। विकासखंड स्तर पर प्रशासनिक एवं वित्तीय नियंत्रण विकासखंड शिक्षा अधिकारी के अधीन रहता है। स्कूल शिक्षा विभाग के अंतर्गत खंडवा जिले में लगभग 4,090 अधिकारी एवं कर्मचारी कार्यरत हैं।
जिले की शासकीय शालाओं में कक्षा 9वीं से 12वीं तक के विद्यार्थियों का कुल नामांकन लगभग 56,594 है। स्कूल शिक्षा विभाग द्वारा मध्यप्रदेश समग्र शिक्षा पोर्टल के माध्यम से विभिन्न विभागों की 23 प्रकार की छात्रवृत्ति योजनाओं का लाभ विद्यार्थियों को प्रदान किया जाता है। इसके अतिरिक्त, साइकिल वितरण योजना का क्रियान्वयन तथा निःशुल्क पाठ्यपुस्तकों का वितरण भी किया जाता है।
शैक्षणिक सत्र 2025–2026 में जिले का हाईस्कूल परीक्षा परिणाम 83.16 प्रतिशत तथा हायर सेकेंडरी परीक्षा परिणाम 83.21 प्रतिशत रहा।